Το Μακεδονικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης υπήρξε πρωτοπόρο στο τομέα σχεδιασμού και υλοποίησης εκπαιδευτικών προγραμμάτων ήδη από τη δεκαετία του 1980.
Σήμερα, σχεδιάζονται εκπαιδευτικά προγράμματα για τη Μόνιμη Συλλογή του και για τις περιοδικές του εκθέσεις. Πάνω από 2.000 μαθητές των δύο βαθμίδων επισκέφθηκαν το Μακεδονικό Μουσείο την προηγούμενη χρονιά, 2005. Εκτός από την ξενάγηση στις μόνιμες συλλογές του, συμμετείχαν σε εκπαιδευτικά προγράμματα σχεδιασμένα για τις περιοδικές εκθέσεις και προσαρμοσμένα στις απαιτήσεις της ηλικιακής τους ομάδας.
Με τον τρόπο αυτό προσφέρεται, ιδιαίτερα στα σχολεία της περιφέρειας, η δυνατότητα αισθητικής αγωγής πάνω σε εκθέσεις πρωτοπορίας και η επαφή τους με νέες τεχνοτροπίες κυρίως με τη χρήση της τεχνολογίας στη σύγχρονη τέχνη.